Dos años y medio después Naruto regresa a Konoha y Akatsuki comienza a volverse más activo. Una vez que Akatsuki secuestra a Gaara, Naruto va en su rescate junto con otros ninjas de Konoha.[32] Sakura tiene una batalla con un miembro de Akatsuki, llamado Sasori, y con la ayuda de Chiyo logra salir victoriosa.[33] Como resultado de su victoria, Sasori le revela que tiene un espía vigilando a Orochimaru, y que se iba a reunir con éste en el «Puente del Cielo», pudiendo saber por medio de esto la ubicación de Sasuke.[34] Naruto, Sakura y los nuevos miembros del Equipo 7, Yamato y Sai, utilizan esta pista para encontrar a Sasuke, pero una vez más son incapaces de impedir que escape.[35] Mientras están decepcionados por no haber logrado su objetivo, el Equipo 7 intenta de nuevo encontrar a Sasuke, aunque después que casi lo capturan, pierden su rastro y se ven obligados a regresar a casa.[36]

En la lucha de Jiraiya contra Pain, en la cual Jiraiya muere,[37] éste último deja un código en la espalda del viejo sapo Fukasaku, que mostraba cómo se podía derrotar a Pain. Naruto, Shikamaru y Kakashi logran descubrir el código casi por completo. Fukasaku le ofrece a Naruto llevárselo al «Monte Myobokuzan» para entrenarlo y enseñarle las «técnicas del ermitaño», con las cuales podría vengar al sannin, por lo que éste acepta.[38] Cuando Pain y Konan invaden la Aldea Oculta de Konoha,[39] Pain se encuentra con Tsunade y éste usa una poderosa técnica que destruye casi toda Konoha de una sola explosión, «Shinra Tensei». Más tarde, Naruto regresa a Konoha y libra una batalla con Pain;[40] cuando Naruto lo logra vencer, Danzō es nombrado como el nuevo Hokage, ya que Tsunade se encontraba inconsciente. El Raikage envía una carta al nuevo Hokage, quien acepta la petición de colocar a Sasuke en el «Libro Bingo», en el cual se encuentran escritos los nombres de todos los criminales peligrosos. Naruto decide ir a hablar con el Raikage junto con Kakashi y Yamato para que éste recapacite.[41] Más tarde, cuando encuentra a Sasuke tiene breve enfrentamiento contra éste, y luego ambos equipos regresan a sus respectivas aldeas.[42