El Mangekyō Sharingan otorgaba un poder extraordinario, pero al mismo tiempo provocaba una ceguera progresiva. Madara, que lo había utilizado intensivamente, cayó en la desesperación total al verse arrebatado de la posibilidad de ver. Según el propio Madara, su hermano se sacrificó voluntariamente dándole los ojos con el fin de que pudiera seguir protegiendo al clan (aunque según la versión contada por itachi uchiha durante su batalla con sasuke uchiha, fue madara quien cruelmente robo los ojos de su hermano al caer en la desesperación de perder la visión). Cuando Madara transplantó los ojos de su hermano en sí mismo, no solo recuperó la visión sin sufrir por los efectos secundarios del Mangekyō Sharingan, si no que evolucionó a otro nivel, el eterno mangekyo sharingan entonces Madara se alzó como líder absoluto del clan, y Matar amigos y familiares se convirtió en práctica común dentro del clan, dándole una fama sangrienta, a pesar de no ser efectiva más que en unos pocos casos (no especificados en el manga). Madara llegó a ser reconocido como el ninja más poderoso de su época, junto con Hashirama Senju, el líder del Clan Senju (primer hokage), sin embargo fue el segundo que el que fue elegido como hokage en la formación de la aldea de la hoja

El Clan Uchiha se encontró con el Clan Senju del bosque y a su líder, Hashirama Senju, el que luego sería conocido como Shodaime Hokage. Durante varios años ambos clanes combatieron entre ellos hasta que el clan Senju propuso una alianza que acabara con el conflicto de una vez. A pesar de que Madara estaba en contra de esta alianza, el resto de los Uchiha querían acabar con ese conflicto, por lo que se vio obligado a aceptarla. Tras esto, los Uchiha fundarían junto al clan Senju la villa de Konoha.
Pese a ser aliados, Madara seguía pensando que eso solo acarrearía la destrucción del Clan Uchiha, pero el resto del clan seguía sin hacerle caso, y se alejaban cada vez más de su líder. La tensión aumentó aún más cuando Hashirama Senju fue elegido como primer Hokage y el clan Uchiha respaldó su posición dándole la espalda a Madara, a quien acusaban de ser un individuo con ansias de poder, al que no le importó asesinar a su propio hermano con tal de lograr lo que deseaba. Rechazado por los suyos, Madara decidió seguir la guerra el solo contra el resto de la villa. Esto culminaría en una batalla entre Uchiha Madara contra Hashirama Senju al borde del País del Fuego, en un lugar conocido posteriormente como el Valle del Fin, a partir de esa batalla. Tan sólo se sabe que fue una batalla tan intensa que transformó el valle en una cascada por la que fluye un río hasta el tiempo presente. La gente de Konoha, en honor a la batalla y a los combatientes, construyeron dos estatuas gigantes en torno a la cascada representándoles. Shodaime fue el ganador del combate, estableciéndose como líder de la aldea y primer Hokage. La gente de Konoha dio a Madara por muerto, y sin embargo, el Clan Uchiha siguió formando parte de la aldea Konoha con una gran influencia e importancia.

Recien Nacido Naruto, presumiblemente por las palabras de Jiraiya, Madara utilizo su sharingan para controlar al Kyūbi quien salio del interior de su segundo jinchuriki quien era Kushina Uzumaki quien luego del parto de su hijo naruto se debilito su sello, y lo liberó en Konoha. Posteriormente, en su versión de los hechos, Madara dice claramente que fue un desastre natural, pero en capítulos posteriores de la serie Yondaime aparece en la mente de Naruto justo antes de que Naruto libere la novena cola, en este momento Yondaime cuenta que el día que el Kyūbi atacó la villa éste estaba siendo controlado por un shinobi de incalculable poder, el cual pertenecía a la organización Akatsuki, y que éste portaba una máscara.y El Bijū fue detenido por Minato Namikaze, el cuarto Hokage que, a cambio de su propia vida, selló al monstruo en su hijo recién nacido. Gracias a la información que revelo a Naruto su madre, quedo confirmado que Madara fue el responsable de que el Kyübi se liberara de su sello , y de que esa persona era incluso capaz de usar técnicas de tiempo-espacio llegando a igualar el hiraishin de minato.

En realidad el plan de Madara para liberar al Kyubi de su anterior portador (la madre de Naruto) era hacerlo mientras estaba dando a luz a Naruto. Según la madre de Naruto, el sello que contiene al Zorro de Nueve Colas se debilita durante el parto, fue así como Madara pudo deshacerlo y liberar al Zorro.
En el momento en el que nace Naruto, Madara lo secuestra, por lo que el Cuarto Hokage deja desprotegida a la madre de Naruto por unos instantes. Madara regresa a Naruto a su padre y después lleva a la madre de Naruto a un lugar especial sobre una roca en un pequeño lago, donde libera al Zorro.
Después el Cuarto sella la mitad del chakra del Zorro en Naruto y junto con ese chakra también sella parte del suyo y parte del de su madre con la finalidad de que Naruto los viera algún día aunque fuera en su mente y que lo pudieran ayudar a controlarlo algún día.
Después de eso Madara desaparece con su técnica de tiempo-espacio desaparición.

Sasuke e Itachi tienen una relación tormentosa desde que Itachi se une a ANBU. El trabajo de ser espía en su propio clan para descubrir los planes que tienen para derrocar al Hokage, ponen a Itachi en una situación difícil. Los dos viejos consejeros del Hokage (los mismos que estudiaron con Sarutobi en la infancia) y Danzou son los que están detrás de esta misión peligrosa que le imponen al portador del Sharingan. Sasuke crece obsesionado con matar a su hermano Itachi por haber aniquilado al clan completo y vive en una completa confusión, ya que el fue el único sobreviviente y no termina de entender por qué por eso quiere obtener poder. Todo da un cambio total una vez que Tobi(Uchiha Madara) le explica a Sasuke, que lo único que hizo su hermano fue protegerlo y cumplir con las ordenes de los dos viejos y Danzou.

Sasuke se despierta vendado y aun débil en una guarida cavernosa, junto a él está Madara que con actitud amistosa respecto a su encuentro con Itachi se dispone a contarle la verdad de su hermano, al presentarse revela su sharingan, en ese instante el ojo izquierdo de Sasuke se transforma en el Mangekyō Sharingan de Itachi y libera Amaterasu sobre el líder de Akatsuki, no obstante este sale indemne y ante la confusión de Sasuke, llega a la conclusión de que su hermano Itachi le transfirió todo sus Dōjutsus con el fin de protegerlo. Tobi se presenta a sí mismo como Madara Uchiha y sostiene que sólo los consejeros de Konoha, Danzō y el fallecido Sarutobi conocen esta historia.
Remontándose 80 años atrás, cuenta la historia de la rivalidad entre los Senju liderados por Hashirama (1º Hokage) y los Uchiha, liderados por Madara, cuyo especial chakra y Mangekyō Sharingan eterno le valieron un gran poder y respeto, la lucha se prorrogó hasta la extenuación de ambos bandos y se pidió la paz, a pesar de que Madara se opuso, el clan Uchiha lo aceptó y se instituyó la aldea de Konoha, con el liderazgo de Hashirama. Madara temió que esto se volviera contra su clan y se enfrentó a Shodaime, pero incluso su propio clan lo acusó de codicioso e incluso le recriminó que le quitara los ojos a su hermano. Madara abandonó la aldea y se enfrentó a Shodaime, perdiendo el enfrentamiento y siendo dado por muerto. Nidaime (2º Hokage) les dio la potestad policial a los Uchiha para mantenerlos bajo vigilancia y con el tiempo algunos disidentes surgieron entre los Uchiha, con el ataque de Kyubi a la aldea, Danzō y los consejeros culparon a los Uchiha y los marginaron a pesar de que Sandaime (3º Hokage) se opuso. Los Uchiha planearon un golpe de estado sobre la aldea, pero Konoha infiltró un espía entre los Uchiha, Itachi Uchiha.

Inicialmente Itachi era un espía de los Uchiha en ANBU comandado por el líder del clan Fugaku Uchiha, sin embargo Itachi, que había vivido la Tercera Guerra Ninja con sólo 4 años y comprendía la inestabilidad que traería un Golpe de Estado, traicionó a su clan, convirtiéndose en un doble espía, cosa que culmina con la orden de asesinar a todo su clan para eliminar cualquier riesgo. Itachi se dio cuenta de que Madara Uchiha seguía vivo, infiltrado en los ANBU y dispuesto a causar una guerra, le ofreció acabar con el clan con la condición de que abandonara sus pretensiones sobre Konoha, a pesar del intento de acuerdo de Sandaime, la orden fue ejecutada. Sin embargo Itachi fue incapaz de matar a su propio hermano, amenazó a Danzō con descubrir el complot si Sasuke fuera dañado e hizo prometer a el 3º Hokage que no le contaría la verdad; así Itachi empujó a su hermano a una vida de cólera y odio con el fin de hacerlo fuerte y morir a sus propias manos un día, para hacerle merecedor de un nuevo poder.
Tobi prosigue relatando que Itachi no peleó en serio contra Sasuke, que lo llevó al límite para liberarlo del Sello Maldito y de Orochimaru, además de para despertar su propio Mangekyō Sharingan, aparte de esto, le contó una historia falsa sobre Madara, le otorgó Amaterasu para que no confiara en él y pudiera ser un héroe a los ojos de Konoha e incluso alargó su vida al saber que una enfermedad terminal estaba acabando con su vida. Sasuke, ya recuperado y ante una playa, recuerda los momentos felices que pasó junto a Itachi, y comprendiendo entonces las últimas palabras de disculpa de su hermano, llora amargamente por su muerte. Proclama entonces ante el equipo Hebi y Tobi que su nombre como equipo desde ahora será Taka (halcón) y mientras muestra sus nuevos ojos proclama que su objetivo es la destrucción total de Konoha. Poco después, Sasuke aparece en unas ruinas en medio de la noche observando la luna y recordando como despertó su sharingan la noche de la muerte de todo su clan al intentar atacar a Itachi, que lloraba al dejar la aldea.
Tobi le revela tras estos su identidad a Kisame Hoshigaki en último lugar, que lo reconoce como el ex-Mizukage y le ofrece su apoyo y confianza. Tras esto y ante el deseo de Sasuke Uchiha de acabar con los altos mandos de Konoha, Akatsuki y el Grupo Taka deciden unir fuerzas. Para ello, Tobi le ofrece un Bijū como refuerzo a Sasuke y su equipo, mientras Akatsuki se ocupa de Naruto Uzumaki, contenedor del Kyūbi. Poco después, Zetsu aparece y a solas, Tobi le confiesa que la muerte de Itachi y la de todos los miembros anteriores han servido a sus propósitos, puesto que ya posee la lealtad de Sasuke y el camino despejado para atacar Konoha. Poco después Tobi aparece junto a Pain informándole de que dejó a Sasuke la captura del Ocho Colas y urgiendo al poseedor Rin’negan a que se encamine a Konoha.
Después de aquello, Sasuke entrega en una guarida al Ocho Colas complaciendo a Tobi que, al ver que las intenciones de Sasuke son curarse de sus heridas y después marchar a Konoha, recuerda cómo el Uchiha le confesó que quería acabar con toda la aldea por haber antepuesto la vida de Itachi Uchiha a su propia seguridad. Finalmente es el encargado de transportar a la guarida de sellado al Ocho Colas, en la que ya sólo resta esperar a Pain, sin embargo al ser sellado solo por Kisame, Zetsu y él, termina siendo un tentáculo que usa como sustitución dejando en libertad a Killerbee.2
Posteriormente ante el aparente fallo de Pain por capturar a Naruto, Madara comienza a movilizarse nuevamente y se dirige ante Sasuke (quien iba a atacar Konoha, de hecho estaba en camino a ella sin saber lo que había provocado Pain en la aldea) contándole que su objetivo ya es causa pérdida, puesto que su subordinado, Pain, destruyó Konoha casi en su totalidad y le revela que tiene una oportunidad de vengarse de Danzou, uno de los que ordenó a Itachi cumplir sus caprichos, en la Reunión de los Kages ya que este fue nombrado Hokage de la Aldea ante los disturbios provocados por Pain y argumentando que deben terminar su último trabajo de parte de Akatsuki ya que fallaron en capturar a Killerbee. Aunque la misión principal ya no es capturar a los Bijuus,probablemente por el hecho de que Nagato murió. Pudo encontrar a Sasuke usando sus misteriosos poderes, y se movió instantáneamente con su técnica de tiempo-espacio.

Finalmente Zetsu explica la situación junto con Madara y conduce al Equipo Taka (conducido por Sasuke) al lugar donde se llevará a cabo la reunión de los cinco Kages, o al menos parte de esta lo lleva ya que la otra se queda conversando con Madara, y Madara le cuenta que no tendría mucho sentido hacer que Sasuke se hiciese más fuerte que Nagato sin que pudiese controlarlo, como teniendo en cuenta la posibilidad de que muriese su subordinado Pain, que Naruto se ha convertido en la llave principal de sus planes, que se cansó de "ser cauteloso" y que implementará el plan "Ojo de la Luna" lo cual revela que Madara aún tiene muchos misterios por desvelar.3
Al parecer Uchiha Madara se muestra ante Naruto en el capítulo 460 con la intención de mantener una conversación, a lo que le pregunta como logró cambiar las expectativas de Nagato. Naruto le responde con un rasengan que no logra afectarle. Aparecen Yamato y Kakashi inmovilizándolo, sin embargo éste se muestra indiferente y les hace ver que ninguno de sus ataques le afecta lo más mínimo. Madara les cuenta la verdad sobre Itachi, y menciona que tanto el primer Hokage y el, así como Naruto y Sasuke, estaban destinados a luchar el uno contra el otro, por la decisión que hizo el Rikkudou Sennin, el primer portador del Rinengan y creador del "ninjutsu moderno", al decidir que su hijo menor fuera su sucesor. El hijo menor, poseedor de la fuerza física del Sennin, es eclipsado por el hijo mayor, quien poseía los ojos del Sennin (Rinnengan). Con esto, da a entender que estas rivalidades vienen de generaciones anteriores. Luego, le dice a Naruto que Sasuke hace todo por voluntad propia porque el odio y la oscuridad se han transformado en su fuerza y motivación. Luego de esto, desaparece del lugar.
Apareció en la misma reunión salvando a Sasuke del ataque del Tsuchikage,y en ese momento absorbe a Sasuke enviándolo a otra dimensión y así evitar que el Raikage acabe con el después les comenta a los 4 kages presentes del plan llamado ojo de luna,el cual consiste en fusionar a todos los bijus para así traer al juubi o el demonio de las 10 colas, Madara les cuenta a los kages que una vez existió un biju que tenía el poder definitivo, este era la fusión de todos los bijus pero el Rikudou Sennin lo sello en sí mismo para salvar al mundo por eso se le conocía como un dios, Madara también les cuenta a los kages que el poder que poseía ridoku sennin era más allá de lo un humano normal pero en el lecho de muerte ridoku sennin dispersa el chakra del juubi en nueve partes los cuales se convirtieron en los actuales bijus por lo cual el plan de Akatsuki o plan del ojo de la luna de Madara es la fusión de los bijus para volver a traer al juubi a la vida y el mismo convertirse en el jinchuriki más poderoso, para así liberar un jutsu definitivo, el cual consiste en un Tsukuyomi infinito que se reflejara en la luna para asi dispersarlo por todo el mundo para así madara apoderarse del mundo mediante el genjutsu según el para que no halla más conflictos en el mundo y halla paz ( su hermano uchiha izuna fue muerto debido a las guerras y al odio shinobi )aunque también dentro de sus planes esta que con el poder de los bijuus recuperar su antiguo poder ya que a raíz de la pelea con el primer hokage recibió heridas tan graves que le quedaron de por vida y también por eso no posee el mismo poder que antes poseía cuando era considerado junto con el primero los mejores y más poderosos shinobis de la historia, pero al parecer gaara y los otros kages no entregaran los bijus que faltan o sea naruto con el kyuuby y killerbee con el hachibi, por lo cual Madara declara la 4ta Gran Guerra Ninja. Lo último que se le ha visto hacer ha sido saludar a Danzou comentándole que no se ven desde la masacre Uchiha, para después atacarle, pero resulta fallido ya que Fu y Torune protegen al Ex-Hokage, a lo que este responde a sus subordinados que lo cubran, ya que va a liberar el sello de su brazo, estos atacan a Madara sin obtener ningún resultado luego Madara los absorbe con su jutsu avanzado de kamui, ve a karin y sasuke este le dice que lo deje salir, a lo que Madara responde que le tiene un sorpresa al salir se ve el brazo de Danzou descubierto y lleno de sharingans y este dice que va a agregara un par nuevos a su colección.
Luego comienza la batalla de Sasuke vs Danzou la cual el observa con su sharingan, en la cual Sasuke gana. Terminada la batalla, Madara le dice a Sasuke que no vaya solo a Konoha ya que había usado al limite sus ojos y la luz de los mismos se estaba esfumando. Madara desaparece con el cuerpo de Danzou usando su tecnica de tiempo-espacio, luego se muestra el cuerpo de este en un lugar donde Madara tiene los ojos de muchos miembros del clan Uchiha. Madara extirpa el ojo sharingan de Shisui de Danzou, pero se queja en el mal estado en el que lo ha dejado este. Cuando Naruto va a enfrentarse a Sasuke, Zetsu avisa a este cuando se dispone a recolectar el Rinnengan para la guerra, pero al final tiene que ir a salvar a Sasuke del equipo siete, después de esto sasuke le dice a Madara que quiere inmediatamente los ojos de itachi, Madara escucha y lo lleva a su escondite donde se pueden ver muchos sharingans.

Más tarde, Kabuto aparece ante Madara proponiendo una alianza y utiliza un jutsu prohibido de Orochimaru el cual aparece en Naruto, Edo Tensei, para revivir a los miembros de Akatsuki fallecidos (Nagato, Kakuzu, Deidara, Sasori e Itachi). Al abrir un último cajón (hay varias posibilidades como el Sabio de los 6 Caminos, el hermano de Madara Uchiha,), Madara observa su contenido y queda sorprendido, Kabuto lo amenaza con el contenido de el ataúd a cambio de que Madara le entregue a Sasuke. Madara acepta, con la condición de entregarlo después de la guerra y Kabuto acepta esa condición.
Más tarde, en el manga, Kushina Uzumaki, la madre de Naruto, le explica la historia del ataque del Kyubi a la aldea y como Madara fue el protagonista de esta, también se ve como tuvo un pequeño enfrentamiento con el cuarto Hokage viéndose claramente el enorme poder que tenía el rayo amarillo de Konoha y siendo el único capaz de herir el cuerpo del que según Madara es un recipiente vacio, y que según Yondaime se trataba de un poderoso shinobi en vista de que no poseía su verdadero poder Madara no tuvo otra opción que huir del combate y en el que se demostró que Madara era superior en velocidad al Yondaime ya que según Madara podía ver las marcas que dejaba este al desplazarse por lo cual Yondaime no tenía otra opción mas que usar el segundo nivel de hiraishin y para evitar que Madara viera las marcas. Acto seguido, lanza su kunai atrávesandole para así autoinvocarse cuando el Uchiha lo quería absorber, e impactarle con un Rasengan de tamaño medio en la espalda. Madara al darse cuenta de que en el mismo momento del impacto este le había hecho perder el control sobre el Kiuubi y que le había puesto un sello invertido para que no puediese evadir los ataques este se da a la fuga sin antes decirle a Minato que con el tiempo sus planes se cumplirían, finalmente Madara desaparece de la escena con su brazo izquierdo sangrando después del impacto del rasengan y siendo el cuarto Hokage el ganador de la batalla. y el único que hasta la fecha lo ha herido físicamente aparte de Shodaime Hokage (que le hizo heridas tan graves que el propio Madara dice que ya no es lo que era antes de su batalla con este).
En un flashback, que tiene Kisame cuando está apunto de morir, se aclara que este llamó a Madara Ex-Mizukage ya que Madara controlaba a Yagura, contenedor del Sanbi y Cuarto Mizukage.

Despues de pensarlo, Madara decidió enseñarle a Kabuto la cueva en la que estaba Gedo Mazo, la estatua que usan en la extracción de los Bijuu; una réplica de el primer hokage, creada a partir de las celulas que le extrajo en su pelea contra el, y el dato más relevante: un ejercito de 100.000 Zetsu (parte blanca), que usará en la 4ºGuerra Ninja. Despues de ello, Kabuto revive a Deidara y van a por el Kyuubi. Luego de la pelea de Kabuto contra los ninjas de Konoha y los del Tsuchikage y atrapar a Yamato, regresa con el a la cueva de Madara diciéndole que con la ayuda de Yamato puede crear mas zetsus y conseguir mucha mas información del kyubi. El capitulo termina con la replica de Madara: Entonces a trabajar, Mi ojo izquierdo (Rinnegan) Esta sediento de Batalla. En el siguiente capitulo se le ve marchar junto con kabuto y los zetsus a la cuarta guerra ninja.

Gacias por la historia esta interesante